Change language
dehaze

PhD Martti Vasar

Ökoinformaatika teadur
martti.vasar [ ät ] ut.ee

J. Liivi tn. 2-306

https://orcid.org/0000-0002-4674-932X

Minu põhiliseks eesmärgiks antud töögrupis on aidata botaanikutel lahendada suuremahulisi analüüse, kasutades selleks klasterarvuteid ja koostades erinevaid töövooge analüüside kiiremaks läbiviimiseks. Üheks põhiliseks tööriistaks on BLAST algoritmi kasutamine erinevate taimejuurte ning organismide sekventside võrdlemiseks. Koostöös teiste töörühma töötajate abil oleme välja töötanud töövoo erinevate proovide sekventside töötlemiseks ja analüüsimiseks.

Lisaks sellel aitan taimeökoloogia töörühmal luua metaandmeid sisaldavat andmebaasi "EcoBank", mis hakkab endas hoidma üle maailma kogutud proovide sekventse ja sinna juurde kuuluvat täiendavat informatsiooni. Andmebaas on kavandatud selliselt, et sellele oleks võimalik luua paindliku otsingusüsteemi.

Doktoritöö raames arendasin töövoo analüüsimaks sekveneerimisplatvormi Illumina järjestusti ning kuidas need on võrreldavad sekveneerimisplatvormi 454 järjestustega. Minu doktoritööd juhendasid PhD Maarja Öpik ja Prof. J. Peter W. Young.

Valitud publikatsioone:

Arendatud programmid: